Το Enclave είναι ένας μυστικός πολιτικός, επιστημονικός και στρατιωτικός οργανισμός που κατάγεται απευθείας από μέλη της κυβέρνησης του προπολεμικού κράτους της Αμερικής και ισχυρίζεται ότι είναι η νόμιμα κυρωμένη συνέχιση της κυβέρνησης, ενώ ταυτόχρονα ορίζει τον εαυτό του και τη συνολική συμπεριφορά του ως τέτοια. Το Enclave αποτελείται από (κατά βάση) απογόνους των προγόνων κορυφαίων αξιωματούχων της κυβέρνησης (κυρίως, ο τελευταίος πρόεδρος των Ηνωμένων Πολιτειών πριν από τον Μεγάλο Πόλεμο, σύμφωνα με τις βάσεις δεδομένων) και ελίτ μέλη διαφόρων κλάδων του στρατού των Ηνωμένων Πολιτειών, καθώς και μερικών άλλων, όπως εκείνων που είχαν σημαντικούς δεσμούς ή / και έμοιαζαν με ισχυρές εταιρείες που συνεργάζονταν στενά με την αμερικανική κυβέρνηση.

 
Είναι οι τελευταίοι "καθαροί" άνθρωποι, αν εξαιρέσουμε τους κατοίκους των vaults, αλλά οι ίδιοι βλέπουν όλους τους υπόλοιπους ανθρώπους ως κατώτερα όντα.

Χρησιμοποιώντας τα Vertibirds τους, το Enclave έστειλε ομάδες αναγνώρισης σε όλη την Καλιφόρνια. Τελικά, βρήκαν την παλιά εγκαταλελειμμένη στρατιωτική βάση της Mariposa, όπου η έρευνα για τον Forced Evolutionary Virus (FEV) είχε γίνει πριν από τον Μεγάλο Πόλεμο. Ο FEV ήταν αυτός που δημιούργησε τους super mutants, τη μεγαλύτερη απειλή για όλο το Enclave.

Το Enclave έσκαψε όλη τη στρατιωτική βάση, χρησιμοποιώντας κατά ένα μεγάλο το εργατικό δυναμικό των ανθρακωρύχων που συγκεντρώθηκαν από τις γύρω περιοχές, που βρήκαν τελικά τις δεξαμενές που περιείχαν τον FEV βαθιά μέσα στα κατώτερα επίπεδα της βάσης. Αν και είχαν ταφεί κάτω από τόνους βράχων και είχαν ξεχαστεί για δεκαετίες, οι δεξαμενές εξακολουθούσαν να περιέχουν τον ιό.

Το Enclave συγκέντρωσε δείγματα για περαιτέρω ανάλυση και μελέτη. Όμως, οι ανθρακωρύχοι που εκτέθηκαν πλήρως σε ακατέργαστο FEV, άρχισαν να μεταλλάσσονται σε μια δεύτερη γενιά super mutants.

Οι μεταλλαγμένοι ανθρακωρύχοι ανέτρεψαν σύντομα τους στρατιώτες του Enclave. Με την χρήση των όπλων και του υλικού που υπήρχε στην παλιά στρατιωτική βάση, οι super mutants έκαναν έφοδο στα ανώτερα επίπεδα και γρήγορα υπερέβησαν τις δυνάμεις του Enclave στη βάση. Τρομαγμένοι, οι στρατιώτες του Enclave έφυγαν από τη βάση και χρησιμοποιούσαν εκρηκτικά για να σφραγίσουν την είσοδο, παγιδεύοντας τους super mutants μέσα στη βάση.

Παρόλο που τα πράγματα εξελήχθηκαν άσχημα στην βάση του Mariposa, το Enclave είχε ακόμα τα δείγματα FEV που χρειαζόταν. Πίσω στην βάση τους, η εργαστηριακή μονάδα ερευνών άρχισε αμέσως να εργάζεται στον ορό. Διαπίστωσαν ότι θα ήταν δυνατό να φτιάξουν από τον FEV μια απίστευτα ισχυρή και θανατηφόρα τοξίνη που θα επηρέασε μόνο τους μεταλλαγμένους.

Αλλά, για να προχωρήσουν οι έρευνες, θα χρειαζόντουσαν... πειραματόζωα. Ήθελαν δύο δοκιμαστικές ομάδες: μία από τους καθαρούς ανθρώπους και μία άλλη από τους "μεταλλαγμένους" που ζούσαν σε ολόκληρη την ηπειρωτική χώρα, υπέφεραν από την ακτινοβολία και την έκθεση του FEV εδώ και δεκαετίες, γεγονός που τους καθιστούσε ακατάλληλους για το Enclave. Αυτό το ακάθαρτο δείγμα αποκτήθηκε εύκολα με την απαγωγή ολόκληρου του πληθυσμού του χωριού Arroyo.

Η καθαρή ομάδα θα ήταν πιο δύσκολο να βρεθεί. Το Enclave δεν θα επέτρεπε ποτέ την διεξαγωγή πειραμάτων στο προσωπικό του, οπότε έπρεπε να κοιτάξουν αλλού. Έτσι, ταξίδεψαν στο Vault 13 και έστειλαν εντολή στους υπολογιστές του Vault να ανοίξουν την πόρτα του. Τα στρατεύματα του Enclave μάζεψαν τους κατοίκους του Vault 13 και τους έστειλαν με τα Vertibirds στην βάση τους για να συμμετάσχουν στα πειράματα του FEV ως πειραματόζωα.

Όμως τελικά αποδείχθηκε ότι και αυτό δεν ήταν αρκετό...